Al presente, la Autoridad posee y opera las instalaciones portuarias en San Juan, incluyendo el viejo sector portuario, el área portuaria de Isla Grande y los muelles de Puerto Nuevo. Asimismo, administra los muelles de su propiedad en las zonas portuarias de Arecibo, Fajardo, Vieques, Culebra, Puerto las Mareas, (Guayama), Guayanilla y Yabucoa.
